Cansado da mesma rotina e das aulas maçantes em sua escola, Martin, um garoto estudante do colegial, resolve fugir após uma aula de estudos sociais sobre piratas. Em seu ápice de curiosidade sobre o tema, Martin tenta mostrar desinteresse, e acaba discutindo com o professor. Já na rua, encontra um garoto da sua idade que aparentemente também fugia de algo. Algo conspira contra Martin, e de repente ele se vê perseguido pelo professor que dera aquela aula em que fugira. Tentando fugir do seu professor enfurecido, Martin e Half (seu novo amigo) se deparam com Juliana, uma misteriosa garota que caíra do céu, assim de repente. Sua queda causa um impacto que os leva à inconsciência. Mais tarde os três se conhecem e descobrem que têm muitas coisas em comum, pois estão ambos envolvidos em uma trama de um provável pirata. A aventura dos três jovens dá continuidade em plena Marginal Tietê, quando conseguem roubar uma embarcação que estava sendo escoltada por um caminhão. Antes do roubo, tiveram de pular no rio para se salvarem de um inimigo, e algo na água havia ajudado os jovens com sintomas que salvaram suas vidas. Assim viajaram os Piratas da Cachoeira, nomeados assim pelo fato de terem surgido no bairro da Cachoeirinha, no subúrbio de São Paulo. O enredo mistura muito mistério entre piratas que se enfrentam numa batalha mortal, uma organização que se utiliza de jovens para conquistar seus objetivos, um monstro criado nas profundezas do rio, e uma nação oculta pela qual viera Juliana, ao mesmo tempo em que releva o assunto da poluição no Tietê, que, na ficção, contribui para o sucesso do vilão. Ele, por sua vez, almeja a destruição completa da metrópole, e os Piratas da Cachoeira caem no fogo cruzado para combater aquela ameaça.