As ações de Operação Kaaba situam-se no ano de 2035, quando um papa brasileiro, Pedro Paulo I, ocupa a Cátedra de Pedro, no momento em que explode um grande conflito internacional entre Oriente Médio e países ocidentais. A cidade de Roma e o Vaticano são bombardeados por misseis lançados pelos chamados países da NAU (Nações Árabes Unidas). O papa é obrigado a fugir de Roma e a se refugiar no Brasil. Inicia-se, então, uma verdadeira caçada ao pontífice por um grupo de terroristas, pois os países da NAU querem transformá-lo em moeda de troca com as nações do Ocidente, participantes do conflito. Em suas ações no território brasileiro, os terroristas contam com a ajuda de uma seita de fanáticos, além de grupo de narcotraficantes, que fazem contrabando de armas para os países do Oriente Médio, que delas precisam para o desenvolvimento da guerra. O Governo Brasileiro escolhe para refúgio do papa o Mosteiro dos Novos Templários, situado na Serra da Mantiqueira, no Estado de São Paulo. Trata-se de uma nova congregação que, além dos votos tradicionais, adota o voto de preservação (preservação da vida e do meio ambiente).O papa é feito prisioneiro pelos terroristas e levado para uma fazenda-fortaleza, no Mato Grosso do Sul. O Governo brasileiro tenta libertá-lo, mas ele é conduzido para um refúgio no Paraguai e depois para Meca, na Arábia, onde será julgado, num processo que levanta o mundo inteiro pela sua libertação. Em Operação Kaaba desfilam jornalistas, policiais, traficantes de armas, terroristas, fanáticos religiosos, elementos do clero e das forças armadas e também uma bela guerrilheira, que desempenha um papel fundamental em toda a trama.