O segredo do oratório é um romance revelador sobre a história dos judeus no Brasil. A paraibana Ioná, descendente de cristãos-novos, descobre que sua família guarda um importante mistério sobre seus antepassados. Na intenção de desvendá-lo, o Sertão nordestino torna-se pano de fundo de uma viagem às raízes do Brasil onde costumes e tradições apontam uma origem judaica que se confronta com o judaísmo atual, a partir do momento em que Ioná resolve reivindicar essa nova identidade.