As ilhas principais, de norte para sul, são: Hokkaido, Honshu, Shikoku e Kyushu. Além destas maiores, o Japão inclui mais de seis mil outras menores, parte das quais constituem as ilhas Riukyu, inclusive Okinawa, que se estendem a sudoeste de Kyushu até perto de Taiwan. Entre 70% e 80% do país é coberto por florestas e de relevo montanhoso com uma cordilheira no centro das ilhas principais, de forma que as pequenas planícies costeiras se tornam as áreas mais povoadas do país. A montanha mais alta e o vulcão mais conhecido do Japão é o monte Fuji com 3.776 metros de altitude e seu ponto mais baixo fica no lago Hachirōgata, quatro metros abaixo do nível do mar.