Quando uma nave alienígena pousa em Mafra, Santa Catarina, o idoso marceneiro Geremy Bley reconhece nela a resposta para uma busca de quase quatro décadas. Após a morte de sua esposa Françoise em 1988, ele dedicou sua vida a encontrar os misteriosos novos sentidos mencionados nas últimas palavras dela. Ao entrar na nave, Geremy passa por uma transformação que expande radicalmente suas capacidades perceptivas e tinge sua pele de azul. Enquanto outros humanos começam a buscar voluntariamente esta transformação, a poderosa Senadora Berenice Santos mobiliza forças políticas e religiosas contra o que considera uma ameaça à humanidade. O confronto entre Geremy e Berenice culmina em uma praça pública, onde o velho transformado revela publicamente que a senadora sofre de um câncer ainda não diagnosticado. À medida que governos tentam controlar a nave e os transformados, uma onda de energia catalítica se espalha globalmente, oferecendo a cada ser humano a escolha de expandir sua consciência. O Código Azul explora as consequências pessoais, sociais e filosóficas desta evolução perceptiva, questionando o que realmente significa ser humano.