Atlântida é sobre um jovem que recebe a chance de pilotar um Mecha para ajudar a sua mãe em um mundo pós apocalíptico. O mundo começa a se recuperar de uma guerra nuclear que quase acabou com  a humanidade. Em meio a isso, uma cidade submersa foi construída ainda durante a guerra, para habitar os mais ricos e poderosos, enquanto o povo na Terra sofre com a fome e a destruição. Mas o dr Erick pretende acabar com essa dicotomia quando recruta Artur e Yuri para pilotar seus Mechas de combate e criar uma revolução.