A vida de Elizabeth Cross perde o sentido no momento em que sua irmã é brutalmente assassinada dentro de sua própria casa, motivo pelo qual ela vai para uma clínica de reabilitação estranha, que talvez não seja o que aparenta ser. O ônibus escolar em que Victor Trevor ia para o colégio é atacado e cai dentro do rio East, em Nova York, ao mesmo tempo em que ele descobre que seu melhor amigo está metido com algo perigoso e misterioso. Megan Thorn passa os dias apreensiva, pensa que algo de ruim está para acontecer consigo e com quem ama. Tudo o que Lucas Heins quer é ser um jovem normal, o que é impossível, pois existe um alvo estampado bem na sua cabeça. E se tudo isso estiver ligado a uma organização secreta gigantesca que controla o mundo? A Organização conta a história de jovens que, de uma forma ou de outra, tiveram suas vidas viradas de cabeça para baixo com o surgimento de uma estranha e controversa organização secreta no planeta: a Organização.