A Flauta Mágica e o livro da sabedoria conta a história do jovem príncipe Tamino e de sua amada Pamina. Antes de encontrar a paz para viver o grande amor, eles devem passar por muitas provas e enfrentar os perigos de um reino sombrio. Pelo caminho, aprendem o valor transformador da amizade e as virtudes da honestidade, da temperança, da coragem e da fraternidade, até finalmente serem recebidos como iniciados no Templo da Sabedoria.